大きく分けるとインフルエンザ桿菌、腸内細菌、ブドウ糖非発酵菌に分かれる。
気道感染症の起炎菌として重要。特に小児に多く、成人では喫煙者、慢性呼吸器疾患を有する患者に多い。 さらに小児では髄膜炎の起炎菌としても重要。 薬剤感受性は比較的良好だが近年耐性菌の増加が話題になっている。第2世代以降のセフェムが有効なことが多い。ABPC も感受性があれば有効(注1)。
腸内の細菌のうち偏性嫌気性（Bacteroidesなどのいわゆる｢嫌気性菌｣）でないグラム陰性桿菌を指す名称である。 病原性は高く敗血症性ショックの原因になりやすい。尿路感染症や腹腔内感染症（腹膜炎、胆嚢炎など）の起炎菌になりやすい。 グラム陽性球菌に比べると薬剤耐性度が高い傾向がある。感受性パターンは菌により異なり、同一菌であっても地域や施設によって異なる。 したがって、自分の施設内の感受性パターンを把握しておく必要がある。
腸内細菌科はさらに大きく分けると3つに分類できる。
なお，当院では培養検査の途中経過として｢Enterobacteriaceae｣と表示されることがあるがこのグループの どれかの菌らしいという意味である（｢エンテロバクター｣とごっちゃにしないように）。
1） について
ペニシリン系には耐性を示すことが多いが、セフェム系に対する感受性は良好であり第3世代以降のセフェムに対しては通常感受性を示す。
ただし院内の菌や抗菌薬投与歴のある患者の検出菌では特殊な耐性機序(ESBL産生など)により耐性度が高いものもいる。
2） について
第2世代以下のセフェムには耐性のことが多く、通常は第4世代のセフェムが有効(第3世代は感受性試験では｢S｣にでることが多いが
一定の割合で耐性株が自然に存在するため重症感染症での有効性ははっきりしない)。耐性のパターンは同一菌名であってもかなり幅がある。
院内感染や抗菌薬の前投与のある患者に発症しやすい。
代表は緑膿菌。その他にアシネトバクター,セパシア(B. cepacia),マルトフィリア(当院ではXanthomonas maltophiliaと表示されるが 現在の正式名称はStenotrophomonas maltophilia)。 もともとは弱毒菌なので健常者の市中感染症の起炎菌になることは稀。市中感染症では免疫不全者、最近の入院歴のある者、 抗菌薬の前投与がある場合,複雑性尿路感染症などで考慮する。院内感染症の起炎菌として重要。臓器特異性はあまりなく、 どこの臓器感染でも起こしうる。逆に培養で検出されたからといって起因菌であるとは限らない。 病原性は低いが耐性度は高い。耐性のパターンは同一菌でも差があるが基本的には広域スペクトラムな抗菌薬しか効かない(注2)。 こちらも培養検査の途中経過で｢glucose-non fermenting Gram-negative bacilli｣と表示されることがある。
最初に報告を受けた時点でどこまで分かるか？
腸内細菌とブドウ糖非発酵菌とはグラム染色やガス産生の有無によってある程度区別できる場合もあるが、実際には困難なことも少なくない。
仮に腸内細菌と分かっても薬剤感受性のパターンにはかなり幅があり、腸内細菌であってもブドウ糖非発酵菌と同じくらい耐性度の高い菌もいる。
結局は患者背景、感染臓器、過去の培養結果、施設内の感受性パターンなどを参考に推測するしかない。
特に院内発症の場合は培養結果が分かるまでは緑膿菌にも活性を有する抗菌薬を用いて広域にカバーする場合が多い。
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