About ImageJ

画像処理をするためのソフトといったら、 Photoshop やGimpがまず思い浮かぶでしょう。ただ、これらのソフトは主に写真の補正や画像の合成などといったものに使われ、顕微鏡映像の解析やゲルの解析や細胞のカウントなどいわゆる科学的な画像の操作には不十分なところがあります。もちろん、上記のソフトでできないことはありません。しかし、科学的な画像解析には、以前から NIH Imageという Mac用のソフトがよく使われていました。

最近になって、このNIH Imageをどのプラットフォームでも動くようにしたいということで、NIH Imageの作者が同じ機能を持ったソフトを Javaで書きました。それが、今回紹介する ImageJです。

詳しい特徴はImageJのページを見ていただければわかりますが、そのなかから少し抜粋します。

File Formats: Open and save all supported data types as TIFF (uncompressed) or as raw data. Open and save GIF, JPEG, BMP and ASCII. Open DICOM, FITS and PGM. Open TIFFs, GIFs, JPEGs and raw data using a URL.

Speed: ImageJ is the world's fastest pure Java image processing program. It can filter a 2048x2048 image in 0.1 seconds (*). That's 40 million pixels per second!

Analysis: Measure area, mean, standard deviation, min and max of ROI or entire image. Measure lengths and angles. Use real world measurement units such as millimeters. Calibrate using density standards. Generate histograms and profile plots.

要は、色々読めてそれなりに速く、分析もいろいろできるということです。また、Plug-inも豊富にあり、自分でもそれなりに簡単にかけるので、欲しいと思った機能を自分で作ることもできます。

もし、今使っているソフトに物足りなさを感じているなら、 ImageJで実際に自分でプログラムを書いて分析するというのはどうでしょうか。画像ファイルのフォーマットに気を取られることなく、自由に画像処理ができます。

> Regarding keyword substituion: It turns out that Linus thinks it's a
> horrible idea: http://kerneltrap.org/mailarchive/git/2006/10/9/223932

His argument is that it may destroy binary files.

This is bogus since keyword-substitution is *off* by default. It will occur
only for files that were explicitly marked for substitution. For example in
subversion:

svn propset svn:keywords "Id Author Revision" *.h *.c

As a substitute (pun intended) for the lack in this feature he gives a hand
crafted, build system dependent, manual (i.e: error prone) method.

What a lame excuse.

-- Oron Peled in
http://hamakor.org.il/pipermail/haifux/2008-February/000164.html

    -- Oron Peled
    -- Post to the Haifa Linux Club mailing list ( http://hamakor.org.il/pipermail/haifux/2008-February/000164.html )

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ImageJってなに？