About ImageJ

画像処理をするためのソフトといったら、 Photoshop やGimpがまず思い浮かぶでしょう。ただ、これらのソフトは主に写真の補正や画像の合成などといったものに使われ、顕微鏡映像の解析やゲルの解析や細胞のカウントなどいわゆる科学的な画像の操作には不十分なところがあります。もちろん、上記のソフトでできないことはありません。しかし、科学的な画像解析には、以前から NIH Imageという Mac用のソフトがよく使われていました。

最近になって、このNIH Imageをどのプラットフォームでも動くようにしたいということで、NIH Imageの作者が同じ機能を持ったソフトを Javaで書きました。それが、今回紹介する ImageJです。

詳しい特徴はImageJのページを見ていただければわかりますが、そのなかから少し抜粋します。

File Formats: Open and save all supported data types as TIFF (uncompressed) or as raw data. Open and save GIF, JPEG, BMP and ASCII. Open DICOM, FITS and PGM. Open TIFFs, GIFs, JPEGs and raw data using a URL.

Speed: ImageJ is the world's fastest pure Java image processing program. It can filter a 2048x2048 image in 0.1 seconds (*). That's 40 million pixels per second!

Analysis: Measure area, mean, standard deviation, min and max of ROI or entire image. Measure lengths and angles. Use real world measurement units such as millimeters. Calibrate using density standards. Generate histograms and profile plots.

要は、色々読めてそれなりに速く、分析もいろいろできるということです。また、Plug-inも豊富にあり、自分でもそれなりに簡単にかけるので、欲しいと思った機能を自分で作ることもできます。

もし、今使っているソフトに物足りなさを感じているなら、 ImageJで実際に自分でプログラムを書いて分析するというのはどうでしょうか。画像ファイルのフォーマットに気を取られることなく、自由に画像処理ができます。

       <Similian>  is there a smart way to read a file to a certain string
                   bit by bit ?
       <Similian>  which loop to use?
        <rindolf>  Similian: you can read it byte by byte.
        <rindolf>  Similian: do you want to read the whole thing?
       <Similian>  no
       <Similian>  too big 200 MB
 <simcop2387-lab>  reading bit by bit is usually not supported by most
                   operating systems
        <rindolf>  Similian: then do you want to read one byte at a time?
             <ik>  or one line at a time?
       <Similian>  guess a line would be better
        <rindolf>  simcop2387-lab: it is on my rindolfOS running on Intel
                   1001.
        <rindolf>  Which was a 1-bit processor.
             <ik>  heh
             <ik>  I had a half-bit processor
             <ik>  it just stored ones
       <danieldg>  ik: that would be a zero-bit processor then
             <ik>  no no
       <danieldg>  half-bit processor stores 0's or sqrt(2)'s
             <ik>  sqrt(2) may as well be 1
 <simcop2387-lab>  rindolf: a 1 bit processor would be a hell of a thing
                   to work with
       <danieldg>  not if you can't test it unless it's one
             <ik>  We're not talking about numbers, we're talking about on
                   and off, true and false, whatever you want to call it
             <ik>  sqrt(2) is nonzero, so it's one.
        <rindolf>  danieldg: not 1/sqrt(2)?
       <danieldg>  hmm it would probably be that, yes
 <simcop2387-lab>  my proc uses sqrt[-1]!
             <ik>  may as well
       <danieldg>  ik: think quantum computers. It tests true with
                   probability 1/sqrt(2)
             <ik>  I'm not talking about a quantum computer..
       <danieldg>  well a 1/2 bit computer clearly can't be classical

    -- Bit by bit
    -- #perl, Freenode

Fortune: You will be attacked next Wednesday at 3:15 p.m. by six samurai
sword wielding purple fish glued to Harley-Davidson motorcycles.

Oh, and have a nice day!
		-- Bryce Nesbitt '84

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ImageJってなに？